Add readme and cleanup formatting cleanup

Make control script more configurable

Add Android app from Yue

Split start and period set functions

Use relay flag insead of Device ID

Fix bug in event generation

Make slave mode configurable

Debug relayed initialization

Add serial transmit call

In event really mode, the mbed needs to queue up relayed event messages
until the time sync messages goes out, otherwise the timer will trigger
at the wrong time.

Start working on serial relay

Refactor main into separate files

Bring in utilities to tester

Factor out message parser

Import testing code and update makefiles

This supports building and install both the primary build (mbed.bin) and
the secondary testing build (tester.bin).

Cleanup comments and move test.cpp

Start logging data

Save a working version of TPM

Debug TPM settings

- Disable prescaler
- Check FLL/PLL select in SOPT2
- Optimize CLOCK/NSEC conversion
- Set oscillator to high gain operation
- Add debug code for TPM/PIT counters

Misc debugging

Add debug event messages
Change devices to 1 and 2
Fix bug in time transmit
Fix return code warning

Perform no-delay time synchronization

Update message definitions

Work on event output message

Ignore tags file

Debug PWM output

Fix input events

Fix bug in irq code

Cleanup and test messages and events

Add new message definitions to control and makefile

Debug stuff without actually testing using an external device or scope

Add output event and more messages

Improve time sync accuracy

This code is kind of messy, but it is more accurate.

Noise between time syncs seems to be around 50 nanoseconds. Noise on
external event readings seems to be around 500 nanoseconds. External
events were tested by manually inserting pins.

The mbeds seems to be consistency apart on external events, so some of
the noise could be caused by differing thresholds on the wires. Rising
edge mode on mbed seems to be ahead, and in falling edge the other is
ahead.

A large portion of the measurement errors was caused by not properly
learning pending DMA requests before enabling the DMA channels. The
pending requests seem to need to be disabled in the DMAMUX as well as
the DMA controller, and on the pins as well. It's not clearly what the
idea reset method is.

Update testing code

Work on second mbed

Add control program file:
  - Can be used to send a time initialization message to the mbed

Add install program:
  - Install programs on both mbeds and initialize the time on one

Add IRQ driven serial interface:
  - Since we don't have spare DMA controllers available for this
    homework we need to transmit serial data some other way.

  - The IRQ code allows us to queue up large messages to be transmitted
    asynchronous to main background loop. It should also help with
    receiving data at a high rate.

Add task table to main:
  - This lets us schedule tasks at fixed intervals.

Fix various bugs:
  - Timer dma code reset avoid config errors cause by periodical request
    while the DMA controller has nothing to transmit.

Move testing code out of main

Add dma timestamper

Get DMA timestamp working

Add dma and more tests

Add UART 1/2 testing

Start work on interfaces

Add initial hw2 folder

GTK+ 3 support

Add screenshots

Add sine wave generator

Add plot selector

Convert logger to use threads

Split Xively streams and debug upload

Finish up

Debugging..

Update from Yue, and add rate column

Add report

Move timer to main

Add A2D signaling

Add initial plotting

Use serial.isWaiting() function

Also remove old debugging code

Fix typo

Switch to #pramga pack() for portability

More bug fixes..

Get things running

Get things running

Fix whitespace error

Add debug LED

Update main file add DMA code

Pull changes from Yue

Support Python 2.7 and GTK+2

Switch to 921600 baud rate

Work on writing settings to devices

Save control options

Fix mag and update rate limit

Update from Yue

Flush pending input data from device

Add flush button

Add Xively upload

- Also update some settings
- Also disconnect on exit

Update settings

Add test code and xively exmaple

Switch to Python 3 and Gtk 3

Rename xively to logger

Set fixed size labels

Add device name

Add serial interface

Rename serial to device and clean up

Add settings

Add template UI

Fix warning

Add sensors code from Yue

Update makefiles

Add initial hw1 stuff